Also ich hatte ein ähnliches Problem. Allerdings kam das dadurch, dass wir unterschiedliche Arbeitsordner für verschiedene Firmen haben. Nachdem eine Firma in die andere integriert worden ist, haben wir den gesamten Satz an Produkten und Kunden in die andere Firma übernommen, und zwar per CSV-Export u. Import. Das Problem war, dass im Satz der alten Firma (nennen wir sie mal Firma A) die zugewiesenen Steuersätze anders definiert waren, als in der neuen Firma (Firma B). Kurz gesagt, in der Datenbank von Firma A waren nur noch 19 % MwSt.-Steuersätze definiert, während in der DB von Firma B noch alte Steuersätze, wie Vorsteuer und MwSt. 16 % herumgammelten.
Nach dem Import der CSV von Firma A nach Firma B waren nun sämtliche Produkte mit MwSt. 16 % verknüpft, da in der DB von Firma A der entsprechende Steuersatz von 19 % dieselbe ID hatte, wie in Firma B der Steuersatz von 16 %.
Das habe ich erst gemerkt, als ich die erste neue Rechnung aus Firma B ausgedruckt hatte. Denn in Fakturama selbst stand zwar noch die Bezeichnung "MwSt. 19 %" hinter den importierten Produkten, während diese allerdings tatsächlich mit dem 16 % Satz verknüpft waren (wegen genannter ID-Zuweisung in der DB). Nun handelte es sich um einen riesigen Stamm an Produkten, und jeden einzeln zu ändern, wäre ein langwieriges Unterfangen gewesen. Ich habe letztlich einfach in der Database.script per Notepad++ zunächst die entsprechenden Einträge gelöscht (alle alten Steuersätze). Das hat nicht funktioniert. Fakturama hat dennoch die alten Werte von 16 % weiterhin genutzt,. Erst als ich dann einfach alle Steuersätze, die noch drin waren in der Database.script zu 19 % geändert habe, funktionierte es wieder. Hinterher habe ich dann einfach in Fakturama unter Steuersätze die übrigen gelöscht und dabei sichergestellt, dass der richtige (mit der ID, welche mit den Produkten verknüpft ist) bestehen bleibt.

Abseits davon funktioniert das Berechnen der Steuern einwandfrei. Falls du nach einem Datenimport Probleme damit hast, könnte es sich evtl. um ein ähnliches Problem, wie bei uns handeln? Denn wenn nach einem Import Produkte mit einem falschen bzw. Nicht-existenten Steuersatz verknüpft sind, dann sieht man das in Fakturama selbst nicht unbedingt, da die Bezeichnung zwar korrekt, die Zuweisung in der DB allerdings eine andere sein könnte. Eben so, wie bei uns geschehen. Allerdings, da es sich bei dir um einen Webshop handelt, kann es sicherlich auch ein anderes Problem sein.

Der Webshop-Import wird noch überarbeitet, möglicherweise klärt sich das Problem damit.

wurde behoben, muß aber nochmal gegengecheckt werden, ob das in allen Konstellationen wirklich läuft. Ggf. nochmal öfnen.